Ο στρατηγικός στόχος του ISAFRUIT ήταν να αυξηθεί η κατανάλωση φρούτων στην Ευρωπαϊκή Ένωση, προκειμένου να βελτιωθεί η υγεία και ευημερία των ευρωπαίων πολιτών και ταυτόχρονα να προστατεύεται το περιβάλλον. Το Πρόγραμμα υιοθέτησε μια ολιστική προσέγγιση στην μελέτη των αλυσίδων παραγωγής και εμπορίας, εντοπίζοντας τα σημεία συμφόρησης (bottlenecks) και αντιμετωπίζοντας τα προβλήματα που προκύπτουν, λαμβάνοντας υπόψη τις προτιμήσεις των καταναλωτών. Η αειφόρος διαχείριση της αλυσίδας παραγωγής και εμπορίας φρούτων στην ΕΕ και των αντίστοιχων μεθόδων παραγωγής τους, μελετήθηκαν σε βάθος, ενώ έμφαση δόθηκε στην ποιότητα των προϊόντων, πριν και μετά την συγκομιδή αλλά και των υπηρεσιών της αλυσίδας εφοδιασμού, με στόχο την τόνωση και βελτίωση της διαθεσιμότητας ενός ευρύτερου φάσματος προϊόντων στην ευρωπαϊκή αγορά.